原发性生殖器疱疹感染潜伏期约为3～5天，患部先有烧灼感，出现红斑，很快在红斑的表面发生3～10个成簇分布的小水疱，数日后成为小脓疱，破溃后形成糜烂面和浅溃疡，局部红肿，有烧灼样疼痛。女性病人多发生于阴唇、肛门周围、阴道，但约90%的病人可同时侵犯子宫颈引起子宫颈炎或子宫炎；男性病人多发生于龟头、冠状沟、尿道口或阴茎体，有时可并发尿道炎。大多数患者有双侧腹股沟淋巴结肿大。

复发性疱疹约在原发性疱疹发生后1～4个月内发生。常有各种诱发原因，如发烧、消化不良等。比较好次单纯疱疹感染后一年内将近60%的患者复发，比较好年内可复发数次，此后复发次数渐少。复发性生殖器疱疹的皮疹一般都在原发性疱疹的发病部位，但疱疹的数目、持续的时间与自觉症状均比原发者轻，附近淋巴结往往不肿大，全身症状轻微。